Die Zucht außerhalb von Gut Knabstrup
In den Jahren nach dem Niedergang wurden weiterhin gute Tiere gezüchtet, besonders im Gebiet um Gut Knabstrup. Über die Zucht bis zum Jahr 1892 wissen wir, dass die Knabstrupper sehr beliebt waren. Das bedeutete, dass mit den Knabstruppern eine große und recht gemischte Zucht aufgemacht wurde, bei der mit den Pferden aus der Gegend gekreuzt wurde. Auf diese Weise waren zum Beispiel die Knabstrupper Schuld am Verschwinden des Odsherreds-Pferdes.
Allgemein lässt sich über die Zucht in diesen Jahren sagen, dass sie einesteils nicht mit derselben Lenkung erfolgte und andernteils die Stammbuchführung oftmals entweder mangelhaft war oder nicht für die Nachzeit verewigt wurde. Dies hat es für die Nachwelt schwierig gemacht, auf historisch vertretbare Weise, die Tiere auf die Flæbestute zurückzuführen.
Bornholm
In den 1930er-Jahren begann man erneut, ernsthaft mit der Rasse zu arbeiten. Diesmal geschah es auf Bornholm. Hintergrund war, dass in den 1870er-Jahren zwei Knabstrupper-Stuten auf die Insel importiert wurden. Die eine Stute wurde Mutter von Witta, geb. 1879. Sie wurde Stammstute für zahlreiche gute Knabstrupper, und die Vereinigung wurde um diesen Stamm herum aufgebaut. Die Vereinigung leistete viel seriöse Zuchtarbeit, löste sich jedoch auf, als der wichtigste Hengst Max in jungen Jahren ohne Nachkommen starb. Gleichzeitig wurden viele gute Tiere nach außerhalb verkauft.
Leider erlangte diese Vereinigung keine große Bedeutung, obwohl bis Mitte der 1990er-Jahre immer noch einzelne Tiere zu finden waren, die auf den alten Stamm zurückführbar waren.
Egemosegård
Als es so aussah, als würde die Zuchtarbeit völlig ins Stocken geraten, begann das Gestüt Egemosegård am Holbæk-Fjord sein Wirken. Der Hof Egemosegård wurde 1946 von Herman Nielsen und dessen Sohn, C.N. Ledager, Anwalt am Landgericht, gekauft. Dieses Projekt war von Enthusiasmus und Professionalität geprägt.
Ein Schlüsselpunkt waren natürlich die Tiere, und hier wird Hermann Nielsen, befragt nach dem "Knabstruppergehalt" der Tiere, folgendermaßen zitiert: „... dass man mit einer gut betriebenen Zuchtarbeit ein gutes Pferd bekommen könne, das einen Großteil des ursprünglichen Knabstrupperblutes in sich trägt und die besonderen Eigenschaften der alten Knabstrupper.“ An anderer Stelle steht: ”... die Blütezeit der Knabstrupper-Rasse liegt so lange zurück, dass eine Zuchtmöglichkeit nur noch mit einem Hauch des Blutes der alten Rasse besteht.“
Es wurde eine sehr stabile Zuchtarbeit geleistet, wobei die beiden Hauptbeschäler, Silverking II (Seeland-Abstammung) und Max Bodilsker (die Bornholmer Linie), die Zucht besonders stark prägten.